Considerada um marco para o ambientalismo paulista, principalmente para as Organizações Não Governamentais (ONGs) que defendem o meio ambiente, o projeto criou um grande conflito que se arrasta até os dias atuais, pois as comunidades da Jureia afirmam que foram cerceadas em seu direito de acesso à educação, à saúde e ao trabalho.

Uma associação chamada União dos Moradores da Jureia foi criada para lutar pelo direito das famílias de permanecer no território com possibilidade de se autossustentar. Em 2006, houve uma mudança na lei para que elas pudessem permanecer no local e realizar atividades remuneradas. No entanto, com uma Ação de Inconstitucionalidade (Adin) movida pela Procuradoria Geral de Justiça do Estado de São Paulo, as famílias perderam o que reivindicavam – atualmente, há uma proposta na Secretaria Estadual do Meio Ambiente, encaminhada pela Fundação Florestal, para a retomada da discussão.

A associação pretende que a estação ecológica se torne uma Reserva de Desenvolvimento Sustentável (RDS), algo parecido com o que ocorre no Parque Estadual do Rio Turvo e no Parque da Caverna do Diabo. Em ambos os lugares foi aprovada a lei conhecida como Mojac (Mosaico do Jacupiranga), que representou um avanço para os mais de oito mil moradores da região. Porém, pelo menos 250 famílias que vivem no interior desses parques reclamam do direito aos serviços básicos. É isso que elas pretendem negociar com o governo do Estado.